Objekt se poprvé objevuje v záznamech majetku vyšehradského proboštství z roku 1273. Již v této době zde stávala tvrz, která měla v případě vojenského nebezpečí poskytnout poddaným útočiště. V roce 1420 byla tvrz dobyta husity, kteří tudy pod vedením Jana Žižky z Trocnova táhli na pomoc Praze proti Zikmundovi. Panství se pak zmocnila staroměstská obec. V následujícím období (16. století) se její majitelé často střídali - díky tomu o tvrz nikdo řádně nepečoval a proto byla kolem r. 1620 označována jako pustá...
To se změnilo, když ji v roce 1627 získal řád obutých rytířů karmelitánů. Předtím nemovitost patřila k záduší kostela sv. Havla na Starém Městě pražském. Do osudu dvora v Krči se promítli náboženské nepokoje té doby, střety protestantů s katolíky. Tak se stalo, že teprve císař Ferdinand II. svojí listinou datovanou 27. dubna 1627 ve Vídni daroval kostel a osadu sv. Havla se vším příslušenstvím řádu obutých karmelitánů. Tvrz s osadou pak karmelitáni dostali proto, aby si z výnosu tohoto majetku vystavěli při kostele sv. Havla klášter. Dvůr jim asi zprvu příliš nevynášel, neboť získali na dobu deseti let povolení vypomáhat si sběrem almužen. Později se finanční poměry karmelitánů natolik zlepšily, že svůj majetek v Krči opravili a zřídili zde, v krásném přírodním prostředí své letní sídlo. Jeho součástí byla i kaple zasvěcená z pochopitelných důvodů sv. Havlovi. Bohoslužby zde konané byly přístupné i místním obyvatelům.
Klášter obutých karmelitánů byl v rámci takzvaných josefínských reforem za vlády císaře Josefa II. v roce 1786 zrušen. Podle tehdy platné legislativy připadl zámeček náboženskému fondu. Od něho nemovitost koupil v roce 1795 pan Jan Gever z Ehrenbergu. Vedle hlavní budovy začaly vyrůstat další hospodářské objekty jako stáje, chlévy, stodola a podobně. Byl tu mlýn čp. 38, potok a rybník. Pro celý areál včetně k němu patřících pozemků tehdy ještě přežíval název sv. Havel, upomínka na vlastnictví karmelitánů. V letech 1840 - 1880 patřil velkostatek pražskému advokátovi, baronu Schlosserovi. Ten také nechal přestavět hlavní budovu do dnešní zámecké podoby. Bylo přistaveno hořejší pravé křídlo, kde byl zřízen sál. Zámek dostal hodnotné novogotické fasády. Podstatně byl rozšířen zámecký park založený v anglickém stylu. Dalším majitelem byl význačný pražský podnikatel, který se všeobecně zasloužil o rozvoj Krče, Tomáš Welz. Do jeho majetku přešel statek dne 24. července 1880.
Od roku 1900 zde pak dobové fotografie zámku zachycují renovovaný objekt, včetně zahradnicky upravených zámeckých teras. Na zámeckém nádvoří byla rozměrná kašna, uprostřed se sochařskou kompozicí dvou andílků, držících rozevřený deštník. Jistě bylo záslužné, že majitelé, rodina Welzů, odmítala veškeré nabídky na stavební parcelaci zámeckého parku i dalších pozemků patřících k zámku pro případnou zástavbu. Zámek prošel zdařilou celkovou rekonstrukcí a začíná se po letech letargie probouzet k novému životu v podobě zámeckého hotelu. Zámek spolu s rybníkem a parkem, dnes lehce dosažitelný městskou hromadnou dopravou, navíc vzdálen jen asi dvacet minut od srdce metropole, tvoří příjemnou alternativu k rušnému centru.